La historia reciente de FENSUAGRO está marcada por una gran ola de persecución y asesinatos contra sus dirigentes y lideres campesinos a nivel nacional, departamental, regional, municipal y veredal. Su base social ha sido duramente golpeada por las redes paramilitares, en su mayoría que trabajan al servicio de los terratenientes. La violencia política afectó los alcances organizativos y unitarios, así como el crecimiento de la Federación, especialmente en la Costa Atlántica, el Magdalena Medio, Meta, Urabá, Cundinamarca, Tolima, Cauca y Sur Occidente. En la región de Urabá, enclave económico de Colombia y epicentro de las luchas populares de los trabajadores bananeros, la Federación fue prácticamente exterminada a base de asesinatos y desapariciones, y otra serie de hechos violentos sucedidos contra dirigentes y afiliados de la organización sindical.
En otros lugares del país, en los que FENSUAGRO también hacía fuerte presencia organizativa y tenía una numerosa base social campesina, igualmente sufrió el rigor de la guerra sucia, fenómeno desatado contra organizaciones populares que ha sido ejecutado por paramilitares y agentes del Estado al servicio de poderes políticos tradicionales. Entre las regiones afectadas por la violencia paramilitar, están los departamentos del César, Córdoba, Guajira, Antioquia y Magdalena, donde el genocidio contra sus afiliados, aún hoy, no ha cesado. Son algo más de 400 los líderes campesinos asesinados o desaparecidos en estas regiones, además, del desplazamiento forzoso y abandono de sus tierras por parte de grandes masas campesinas.
